לצורך הטיפול הגינקולוגי, כדאי לאישה לבחור ברופא המשרה עליה תחושה נינוחה גם בשעת דיון בנושאים רגישים, כמו יחסי מין, אמצעי מניעה והריון. רופא נשים (גניקולוג) הוכשר לדיון בבעיות משפחה, כגון הזנחה גופנית, רגשית וחומרית, והוא שומר בסוד את כל המידע שהוצג בפניו.
במדינות מסוימות, אך לא בישראל, החוק מחייב הסכמה של ההורים לטיפול גינקולוגי בקטינות. במהלך התייעצות גינקולוגית עם רופא - ויהיה זה גינקולוג, רופא פנימי, רופא ילדים או רופא משפחה - אפשר להציג שאלות לרופא עצמו, או לאחות או לתרפיסטית העובדת במרפאה, בנוגע לתפקוד ואנטומיה בתחום הרביה והמין, ולהתייעץ עמם בכל הקשור לקיום יחסי מין בטוחים.
הערכה גינקולוגית מתחילה בסדרה של שאלות (ההיסטוריה הגינקולוגית), אשר מתמקדת בדרך כלל בסיבה לביקור אצל הרופא. היסטוריה גינקולוגית שלמה כוללת שאלות על הגיל שבו החלה הווסת (ראשית הווסת), תדירות הווסת, סדירותה, משכה וכמות הזרימה, וכן שני תאריכי ווסת אחרונים.
המטופלת יכולה לצפות לשאלות בנוגע לדימום אנומלי - יותר מדי, פחות מדי או שלא בזמן הווסת. לפעמים היא נשאלת גם על חיי המין שלה, במטרה להעריך זיהומים גינקולוגיים, פציעות ואפשרות של הריון. האישה נשאלת אם היא משתמשת או רוצה להשתמש באמצעי מניעה ואם היא מעוניינת בייעוץ או במידע נוסף. הרופא נוהג לשאול גם כמה הריונות עברה המטופלת, מתי, מה הייתה התוצאה ואם היו סיבוכים.
האישה נשאלת אם היא סובלת מכאבים בשעת הוסת, במהלך משגל או בנסבות אחרות, עד כמה הכאבים חמורים ומה מקל על סבלה. הרופא מציג שאלות גם בנוגע לשדיים - כאב, גידולים, אזורים של רכות או אדמומיות והפרשה מהפטמות. האישה נשאלת אם היא מבצעת בדיקה עצמית של השדיים, באיזו תדירות, ואם היא זקוקה להדרכה בנוגע לשיטה יעילה בתחום זה.
הרופא סוקר את תולדות המחלות הגינקולוגיות של המטופלת (אם היו כאלה), ובדרך כלל מבקש מידע מלא על ההיסטוריה הרפואית והניתוחית שלה (מעבר לתחום הגינקולוגי). הרופא צריך לדעת אלו תרופות וחומרים היא צורכת - במרשם ולא במרשם, סמים לא חוקיים, טבק ואלכוהול - מאחר שרבים מהם משפיעים על התפקוד הגינקולוגי, וכן על מצב הבריאות הכללי. שאלות הנוגעות להזנחה נפשית, גופנית או מינית בהווה או בעבר חשובות אף הן. כמה שאלות מתמקדות בתחום ההשתנה, כדי לברר אם האישה סובלת מזיהום בדרכי השתן או אם היא אינה שולטת בדרכי השתן.
ריקון השלפוחית - יש נשים המוטרדות מאוד מבדיקה הגינקולוגית. אם האישה מגלה זאת לרופא מראש, הוא יכול להאריך את זמן הביקור ולענות על כל השאלות. בדרך כלל המטופלת מתבקשת לרוקן את שלפוחית השתן לפני הבדיקה הגופנית ולאסוף דגימת שתן לצורך בדיקת מעבדה.
בדיקת שדיים - לעתים הרופא מבצע בדיקת שדיים, לפני או אחרי בדיקת האגן. כאשר האישה יושבת, הרופא בודק את השדיים בחיפוש אחרי אי -סדירויות. גומות, עור מתוח, גושים והפרשות. לאחר מכן האישה יושבת או שוכבת, ידיה מאחורי הראש, והרופא ממשש כל שד בכף ידו הפרושה ובוחן את בתי השחי בחיפוש אחרי קשרי לימפה מוגדלים, הרופא ממשש גם את הצוואר ואת בלוטת התריס, בחיפוש אחרי גושים ואנומליות.
בדיקת הכבד והטחול - הגניקולוג ממשש בעדינות את כל האזור שבין כלוב הצלעות ואגן הירכיים (מה שקרוי ״בטן״), בחיפוש אחרי גידולים אנומליים או איברים מוגדלים, בעיקר הכבד והטחול. בדיקה זו עשויה להסב אי נוחות מסוימת למטופלת, כאשר הרופא לוחץ בחוזקה, אך הבדיקה בכללותה אינה מכאיבה. הקשה באצבעות, אגב האזנה לגבול שבין אזור התהודה העמוקה לאזור התהודה העמומה עוזרת לרופא לקבוע את גודלם של הכבד והטחול. כדי זהות אנומליות שאי אפשר למששן, הרופא מאזין בסטטוסקופ לפעילות המעיים ולכל רעש אנומלי שיוצרת זרימת הדם.
בדיקת האגן - במהלך בדיקת האגן, המטופלת שוכבת על גבה, ירכיה וברכיה כפופות ועכוזה מורם אל קצה שולחן הבדיקה. רוב שולחנות הבדיקה מצוידים במשוורות לעקבים או לברכיים, אשר עוזרות לאישה להישאר בתנוחה זו. אם המטופלת חפצה לצפות בבדיקת האגן בשעת ביצועה, הרופא עשוי להציב מולה מראה, וכן לציידה בהסבר או בתרשים. על המטופלת להודיע לרופא מראש על רצונה בכך.
צפייה באברי המין החיצוניים - הרופא פותח את הבדיקה בצפייה באברי המין החיצוניים ובוחן את פיזור השיער וכל אנומליה, שינוי צבע, הפרשה או דלקת. בדיקה זו מאשרת כי הכל כשורה או מצביעה על בעיות הורמונליות, סרטן, זיהומים, פציעה או התעללות גופנית.
בחינת הנרתיק - הרופא פורש את השפתיים באצבע עטופת כפפה כדי לבחון את פתח הנרתיק. בעזרת מפשק (ספקולום) מחומם ומסוכך במים (מכשיר עשוי מתכת או פלסטיק, המפריד את דופנות הנרתיק זה מזה), הוא בוחן את האזורים העמוקים יותר של הנרתיק וצוואר הרחם וסוקר בתשומת לב מיוחדת את צוואר הרחם, בחיפוש אחרי סימנים של גירוי או סרטן.
בחינת צוואר הרחם - כדי לבצע את בדיקת פאפאניקולאו (פאפ), הרופא מגרד תאים משטח הפנים של צוואר הרחם, בעזרת מכשיר קטן מעץ, הדומה ללוחץ לשון. לאחר מכן הוא עשוי לאסוף כמה תאים מתעלת צוואר הרחם, בעזרת מברשת בעלת זיפים קטנים. תהליכים אלה אינם מכאיבים, אם כי המטופלת חשה בהם. הרופא מניח את התאים שנאספו בעזרת המטוש או המברשת על זכוכית נושאת, מרסס אותם בחומר משמר ושולח אותם למעבדה. שם הם נבחנים מתחת למיקרוסקופ, בחיפוש אחרי סימנים לסרטן הרחם.
בדיקת פאפ - השיטה הטובה ביותר לגילוי סרטן הרחם מזהה כ- 80 עד 85 אחוזים מכלל מקרי הסרטן הזה, אפילו בשלבים המוקדמים שלהם. התוצאות המדויקות ביותר מתקבלות אם האישה אינה שוטפת את הנרתיק במשך עשרים וארבע שעות לפחות לפני הבדיקה ואף אם היא אינה משתמשת בתקופה זו בתרופות המוחדרות לנרתיק.
בדיקות נוספות - אם הרופא חושד בקיומן של בעיות אחרות, הוא עשוי לבצע בדיקות נוספות. לדוגמה, במקרה של חשד לזיהום, הרופא מנקה את הנרתיק וצוואר הרחם בספוגית, אוסף כמות קטנה של הפרשה מהנרתיק, ושולח אותה למעבדה לצורך תרבית והערכה מיקרוסקופית. הרופא אומד גם את החוזק והתמיכה של דופן הנרתיק. הוא מחפש בליטות של שלפוחית השתן אל תוך החלק הקדמי של הדופן (ציסטוצלה), בליטה של החלחולת אל תוך החלק האחורי של הדופן (רקטוצלה) או בליטה של המעיים בסמוך לחלק העליון של הנרתיק (אנטרוצלה).
בדיקת הרחם והשחלות - לאחר הוצאת המפשק, הרופא מבצע בדיקה בשתי ידיים. מחדיר את האצבע המורה והאמה של יד עטופת כפפה אחת אל תוך הנרתיק ומניח את האצבעות של היד האחרת על הבטן התחתונה מעל לעצם החיק. בין שתי הידיים הוא יכול לחוש את הרחם כמבנה חלק, מוצק ודמוי אגס, ולהעריך את תנוחתו, גודלו, צפיפותו ודרגת רכותו (אם אכן הוא רך) לאחר מכן הוא מנסה לחוש את השחלות על ידי הזזת היד שעל הבטן לצדדים והפעלת לחץ רב יותר. מאחר שהשחלות הן קטנות והרבה יותר קשה למוש אותן מאשר את הרחם, יש צורך בהפעלת כוח רב יותר. חלק זה של הבדיקה נוח פחות מבחינת המטופלת. הרופא קובע את גודלן של השחלות ואם הן רכות. בנוסף לכך הוא מבצע חיפוש במישוש אחר גידולים או אזורים רכים בתוך הנרתיק.
בדיקה רקטו-וגינלית - בסופו של דבר הרופא מבצע בדיקה רקטו-וגינלית על יד החדרת האצבע המורה אל תוך הנרתיק והאמה אל תוך החלחולת. בדרך זו, אפשר לבדוק את הדופן האחורית של הנרתיק, בחיפוש אחרי גידולים אנומליים או התעבות חריגה. נוסף לכך, הרופא עשוי לבדוק את החלחולת כדי לוודא שאין שם טחורים, פיסורות, פוליפים וגושים, או דם סמוי בצואה. לעתים הוא נותן למטופלת ערכה ביתית לבדיקה דם סמוי בצואה.
בדיקות מעמיקות יותר - פה ושם יש צורך בבדיקות נרחבות יותר, כדי לבדוק את אברי המין הפנימיים, הרופא משתמש בכלים אבחוניים שונים, כולל מכשירים המבוססים על טכנולוגיה של סיבים אופטיים. סיבים אלו הן חוטים גמישים ודקים של פלסטיק או זכוכית, אשר מעבירים אור. כבל סיב אופטי, מחובר לצינור צפייה המכונה לפרוסקופ, מאפשר בחינה של הרחם, של החצוצרות או השחלות, מבלי שיהיה צורך בחיתוך נרחב. הרופאים יכולים להיעזר בלפרוסקופ גם בביצוע הליכים ניתוחיים באברי המין.